列車名稱為打破傳統自強、莒光、復興之民族自強的口號命名方式, 特向民間徵求命名，由中華民國鐵道文化協會整理出「曙光／AURORA」、「飛魚／FLYING FISH EXPRESS」、「太魯閣／TAROKO」等名稱，再由台灣鐵路管理局內部開會選出。[1]
台灣鐵路管理局於2006年1月17日評定由「太魯閣」獲選。命名理由為：太魯閣國家公園之自然風光聞名國內外，其英語名稱採用原住民語「Taroko」，無論國、台、客、日語、英語等皆稱易記。結果出爐後，2006年1月20日、3月15日、6月1日及2007年1月21日、5月8日出版之免費時刻表皆以該型車為封面。其中3月15日、6月1日之版本更於內頁介紹列車基本資料及命名沿革，透過新聞媒體，民眾也熟知「太魯閣號」這個名稱。
雖然通稱的「太魯閣號」這個名稱已廣為使用，且顯示於部分車站的最近發車時刻表，但臺鐵為避免票種過度複雜，亦配合其簡化車種的政策，故其票價比照普通自強號，稱為「自強號太魯閣列車」。該局發行的時刻表將太魯閣列車的班次標為自強號，再另外加上太魯閣列車的標誌以為識別；車票上除標示自強外，並特別標示「太魯閣」、「Taroko Express」以供識別。
引用